1956年8月，在中央“向科學進軍”的號召下，交通運輸部水運科學研究院（以下簡稱“水運院”）應運而生，從此，新中國在水運科技領域有了自己的“國家隊”。
建院以來，水運院在不同歷史時期完成了一系列國家級和省部級重大科研課題，牽頭組織開展了多項重大科研攻關，取得了一系列重要科研成果，創造了中國水運科技史上的多項第一，有力地支撐了我國水運事業的蓬勃發展。這些成果包括：與蘇聯專家合作研究和設計制造出我國第一臺浮船吸煤機；規劃了我國第一條國際集裝箱運輸航線；研發出國內第一只國際標準集裝箱；設計了國內第一臺岸邊集裝箱裝卸橋；開發出第一套集裝箱碼頭管理信息系統，等等。
作為水運科學研究的國家隊，在交通運輸部黨組的正確領導下，水運院近年來始終以加快建設交通強國為使命，以水運科研高質量發展為主題，遵循“政治建院、科研立院、改革興院、人才強院”的宗旨，瞄準“建設交通運輸行業高端智庫和世界一流科研機構”的愿景目標，深化“為政府決策提供智力支撐、為行業發展提供技術支撐”的職能定位，在為部服務、科技支撐引領行業發展等方面都做出了突出的貢獻。
水運院深度參與我國水運發展戰略政策的研究和技術支撐工作，特別是在海運強國戰略、內河航運高質量發展、智能航運發展、世界一流港口建設、綠色航運、港口安全應急、交通強國建設試點任務等方面取得了多項重大研究成果。在行業技術創新方面發揮了示范引領和支撐作用，承擔了水上溢油應急處置關鍵技術、基于船岸協同的船舶智能航行與控制關鍵技術、內河環境污染事故應急與生態環境風險管控技術研究、復雜海況條件下海上目標協同觀測及應用技術等重大國家科研項目的研發，研制的“水運一號”衛星由長征11火箭搭載成功發射，成為全球首個依托商業衛星實現船舶在軌智能跟蹤拍攝的衛星載荷。
經過多年發展，水運院形成了“水運經濟、安全應急、環保節能、現代物流、智能水運、海事服務”六大專業研究體系，基本覆蓋水運行業全領域；形成了集咨詢服務、裝備研發、工程設計、航運服務、交流培訓五大板塊于一體的業務領域。
水運院建有1個國家級國際科技合作基地（水路運輸污染防治與重特大事故應急技術示范型基地）、1個交通運輸行業技術研發中心（衛生防疫技術研發中心）、4個交通運輸行業重點實驗室（港口物流裝備與控制工程、集裝箱運輸智能化、無人船舶系統及設備關鍵技術、綜合交通運輸理論）。創立出版了《水運科技》《水運科學研究》等多本行業內部刊物，定期向行業主管部門和相關機構、企業提供《水路交通決策參考》；定期發布中國港口股票指數和中國航運股票指數，是研判水運行業經濟運行形勢的重要指標。
水運院總占地面積約21.8萬平方米，建筑面積約6.6萬平方米。在北京大興擁有一座占地208畝的大型綜合性實驗基地，在天津濱海新區擁有約70畝的專業實驗基地，在河南洛陽黃河小浪底庫區建有1000余畝的綠化扶貧基地。
目前，水運院設有7個內設機構、12個主要科研機構和3個保障機構、1個博士后科研工作站，代部管理交通運輸部環境保護中心、中國海事服務中心兩家事業單位。全國港口標準化技術委員會、全國集裝箱標準化技術委員會、全國起重機械標準化技術委員會臂架起重機分委會、全國內河船與水路運輸標準化技術委員會4個全國標準化技術委員會及分支機構掛靠在水運院。受交通運輸部委托，水運院還負責亞太經合組織（APEC）下設的亞太港口服務組織（APSN）秘書處、鄭和研究會秘書處、國際標準化組織船舶與海洋技術委員會港口碼頭分委會（ISO/TC8/SC27）秘書處的運行管理工作。
水運院現有在職職工1394人，其中事業編人員480人。院本部事業編職工436人，其中碩士以上學歷占84%，具有高級專業技術職稱及以上的占53%。高層次人才培育力度不斷加大，人才儲備體系初步建立。其中，全國杰出專業技術人員1人，新世紀百千萬人才工程國家級人選3人，享受國務院政府特殊津貼49人次，交通運輸部專家委員會委員3人，交通運輸部“新世紀十百千人才工程”第一層次人選4人，交通運輸部科技創新領軍人才2人，交通運輸行業重點領域創新團隊2個，交通運輸部青年科技英才15人，交通運輸行業科技創新人才推進計劃青年拔尖人才1人，中國航海學會科技貢獻突出人物5人，中國航海學會青年科技人才4人，中國科協青年人才托舉工程人選3人，歷年入選國家和省部級專家庫200余人次。
當前，水運院正積極推進交通強國建設試點任務，著力研究世界一流港口綜合評價體系、水運安全重大風險防控技術、港口與船舶污染防治關鍵技術、智能航運關鍵技術、多式聯運快速轉運裝備關鍵技術等，在天津濱海新區建設世界規模最大、功能最強的海上溢油應急處置實驗系統，努力在加快建設交通強國、當好中國式現代化開路先鋒的新征程中再立新功。
